La stratégie de la fondation se structure autour d’un conseil de gestion, elle est mise en œuvre par un bureau et une équipe.
Le Conseil de gestion fixe la stratégie et le programme d'activités de la fondation. Il examine puis détermine les projets retenus conformément aux missions de la fondation. Il est composé de 18 membres répartis en 4 collèges.
Le Bureau, où siègent notamment les membres fondateurs de la fondation et des représentants de l’établissement, assiste le conseil de gestion ainsi que le président de la fondation dans l'exercice de ses fonctions.
Collège des fondateurs
Collège des grands donateurs
Collège des représentants de l'Université de Rennes

David Alis
Président de l'Université de Rennes 1 - Professeur de gestion

Laurent Bironneau
Vice-président délégué à la formation continue et l'alternance

Xavier Castel
Vice-président délégué en charge de la valorisation

Jean-François Carpentier
Vice-président en charge de la recherche

Muriel Hissler
Vice-présidente en charge des partenariats - Directeur de recherche Inserm
Collège des personnalités qualifiées
Bureau de la Fondation Université de Rennes

Damien de Kerhor
Président

Muriel Hissler
Vice-présidente

François Paucelle
Past-président